Для хранения лучше юзать MySQL Базу, либо защитить файл .db и юзать SQLite, во-первых удобно и файлы не спиzzdят, а во-вторых оба драйвера (SQLite и MySQL) есть в стандартном PHP классе - PDO, с которым можно быстро и удобно работать. В крайнем случае сделать поддержку двух версий File/Base